본 발명은 진단하고자 하는 개체의 단백질 위치를 정상 신경세포의 대조군과 비교함으로써 신경교종을 진단하는 방법에 관한 것이다. 보다 구체적으로, GFRα4의 소포체에서 발현율이 세포막에서 발현율보다 높은 경우 신경교종으로 판단하는 단계를 포함하는 신경교종 진단방법 및 신경교종 치료제를 스크리닝하는 방법에 관한 것이다. 본 발명의 진단방법은 단백질의 세포내 특정 위치에서의 발현율을 비교함으로써 신경 교종을 정확하게 진단할 수 있으며, 신경교종의 진행 상태를 진단할 수 있다.