본 발명의 전자 의무 기록을 이용한 환자-대조군 기반의 약물 부작용 감지 방법은 EMR(전자 의무 기록; electronic medical record) 데이터베이스로부터 케이스군과 대조군 후보를 추출하는 단계;상기 대조군 후보로부터 상기 케이스군과 일반적 특성이 통계적으로 차이가 없는 대조군을 선정하는 단계; 상기 케이스군 환자들의 검사 결과 중 약물 투여후 대표값(PostLab) 및 상기 대조군 환자들의 검사 결과 중 약물 비투여 대표값(NoLab)을 결정하는 단계; 및 상기 약물 투여후 대표값(PostLab) 및 상기 약물 비투여 대표값(NoLab)의 통계 검증을 통해 상기 약물의 부작용 여부를 결정하는 단계를 포함하는 것을 특징으로 한다. 따라서 본 발명에 의할 경우, 전문가의 개입 없이도 기존에 축적된 EMR 데이터베이스를 활용하여 대표성 있는 케이스군 및 대조군을 추출할 수 있고 다양한 약물에 대한 다양한 부작용을 감지할 수 있다. 특히, EMR 데이터베이스가 누적됨에 따라 결과의 정확성이 증가하게 되며, 다양한 통계적 결과물을 제공함으로써 사용자가 추가 판단을 내리는데 도움을 줄 수 있다. 특히, 객관적이고 신속하게 통계 처리가 가능하여 종래의 자발적 보고 방법, 데이터 마이닝 기법과 비교하여 현저하게 많은 약물에 대한 다양한 부작용을 신속하고 정확하게 검증할 수 있다.