본 발명은 예후가 좋지 않은 간내담도암 환자와 호전된 예후를 보이는 간내담도암 환자의 CRP, CDH2, S100P 및 TFF1 유전자 발현 차이를 확인한 것으로, CRP 및 CDH2 유전자 발현이 높은 환자의 경우 호전된 예후를 보였고, S100P 및 TFF1 유전자 발현이 높은 환자의 경우 좋지 않은 예후를 보였다. 특히 CRP+/CDH+결합 발현을 보이는 환자의 경우, TFF1+/S100P+ 결합 발현을 보이거나 이외 다른 결합 발현 패턴을 보이는 환자보다 더 좋은 예후를 보였으므로, CRP, CDH2, S100P 또는 TFF1 유전자, 또는 상기 유전자로 엔코딩된 단백질을 독립적 또는 병합으로 간내담도암 예후 예측용 바이오 마커로 사용할 수 있다.