본 발명은 각 구획별 조직 유래 탈세포화된 세포외기질로 유도된 복합조직 및 이의 제조방법에 관한 것으로, 섬유-연골 유래 구획별 탈세포 세포외기질 분말을 줄기세포와 혼합한 후 누드마우스 피하에 이식하여 얻은 구획별 인공조직은 섬유-연골 조직의 각 해부학적 위치의 생화학적 특성과 유사한 것이 확인되었으며, 상기 각 구획별 인공조직을 토끼의 섬유-연골 부위의 해부학적 기원에 부합하는 위치에 이식한 결과, 이식된 인공조직은 서로 융합되어 균일한 하나의 복합조직을 형성하는 것을 확인함에 따라, 본 발명의 구획 특이적 복합장기는 단일 장기일지라도 해부학적 위치에 따라 서로 다른 기능과 생화학적 특성을 나타내는 근골격계 복합 결합조직을 모사할 수 있어 세포치료제 및 인공조직 이식체로 제공될 수 있다.